Das Ende eines Urlaubs

Auf Nimbus III, dem Planeten des galaktischen Friedens, treffen J'onn, ein Bewohner des Planeten und der Vulkanier Sybok aufeinander. Sybok unterhält sich mit J'onn und er schafft es J'onn von seinem Schmerz zu befreien. J'onn möchte sich revangieren und Sybok bittet ihn, sich seiner Sache anzuschließen. Sybok befindet sich auf der Suche nach Sha-ka-ree.

Inzwischen machen Kirk, Spock und McCoy zusammen Urlaub im Yosemite-Nationalpark. Auch Sulu und Chekov sind zusammen im Urlaub unterwegs. Scotty und Uhura kümmern sich unterdessen um die marode Enterprise. Außer dem Antrieb scheint auf dem neuen Schiff kaum etwas zu funktionieren.

Inzwischen hat Sybok auf Nimbus III eine große Anhängerschaft hinter sich gebracht. Er bläst zum Angriff auf die Hauptstadt, Paradise City. In der Stadt nimmt Sybok die Vertreter der 3 Großmächte Föderation, Romulaner und Klingonen als Geiseln.

Uhura erhält auf der Enterprise, die sich noch immer im Raumdock befindet den Befehl, die wichtigsten Positionen auf dem Schiff zu besetzen und sich für den Erhalt von neuen Missionsbefehlen bereit zu machen. Kirk, Spock, McCoy, Sulu und Chekov werden aus dem Urlaub reaktiviert. Die Enterprise ist keineswegs in gutem Zustand. Der Transporter funktioniert nicht, die Hälfte der Türen auf dem Schiff geht nicht auf, doch die Sternenflotte hat trotz allem einen neuen Auftrag für Kirk und seine Crew. Sybok hat sich mit seinen 3 Geiseln und seinen Forderungen an die Föderation gewendet. Er möchte, dass sofort ein Raumschiff nach Nimbus III entsandt wird, um dort die Verhandlungen über die Freilassung der Geiseln weiterzuführen.
Kirk erhält den Auftrag die Geiseln zu befreien und die Ordnung auf Nimbus III wieder herzustellen.

Auf Nimbus III

Die Enterprise verlässt mit einer Minimalcrew das Raumdock und fliegt nach Nimbus III. Scotty arbeitet während der Reise an den Reparaturen. Spock hat auf einer Videoaufzeichnung Sybok erkannt. Er kann Kirk berichten, dass Sybok vor einigen Jahrzehnten zu den vielversprechendsten jungen Köpfen Vulkans gezählt hat, doch dann hat er sich neuen Lehren verschrieben, hat die Logik abgelehnt und wurde von seinem Volk verbannt, als er versucht hat andere Vulkanier auf seine Seite zu ziehen.

Inzwischen haben auch die Klingonen von dem Zwischenfall auf Nimbus III gehört. Captain Klaa fliegt ebenfalls nach Nimbus III. Er interessiert sich jedoch weniger für die Befreiung der klingonischen Geisel, als vielmehr für das Föderationsschiff, welches zur Befreieung der Geiseln geschickt wird und das er zerstören möchte.

Als die Enterprise im Orbit von Nimbus III angekommen ist, funktioniert der Transporter noch immer nicht. Kirk, Spock, McCoy, Sulu, Uhura und einige Wachen machen sich mit einem Shuttle auf den Weg zur Oberfläche. Inzwischen wird das Klingonenschiff von der Enterprise im Anflug auf Nimbus III registriert. Es befindet sich noch ca. 2 Stunden vom Planeten entfernt. Chekov übernimmt als kommandierender Offizier auf der Enterprise die Verhandlungen mit Sybok. Er lenkt ihn ab, während Kirk und die anderen inzwischen auf der Oberfläche angekommen sind und sich mit Hilfe einiger Tricks in die Stadt einschleichen können. Dort angekommen, entfacht ein harter Kampf um die Hauptstadt. Kirk findet schließlich in einer Bar die vermissten Geiseln vor, doch diese haben inzwischen offensichtlich die Seiten gewechselt und nehmen Kirk und Spock gefangen. Außerhalb der Bar mussten die Enterprise-Truppen inzwischen ebenfalls ihre Niederlage eingestehen. Sybok macht sich mit dem Shuttle und einigen seiner Anhänger, sowie Kirk, Spock, McCoy, Sulu und Uhura auf den Rückweg zur Enterprise.

Die Übernahme der Enterprise

Inzwischen ist das Klingonenschiff eingetroffen und greift die Enterprise an. Chekov hat die Schilde aktiviert, womit eine Landung des Shuttles unmöglich geworden ist. Würde man den Leitstrahl zur Landung des Shuttles aktivieren, würde die Enterprise für eine längere Zeit den Schutz der Schilde verlieren. Da Sybok nicht umkehren will, entschließt sich Kirk dazu, das Shuttle ohne Leitstrahl zu landen, um somit nur wenige Sekunden ohne Schilde zu sein. Sobald das Shuttle gelandet ist, aktiviert Chekov den Warpantrieb und entkommt somit den Klingonen, die die Verfolung aufnehmen. Bei der Landung werden alle im Shuttle kräftig durchgeschüttelt und Kirk verwickelt Sybok daraufhin in einen Kampf. Als Sybok Kirk überwältigt, hat Spock ein Phasergewehr ergriffen und zielt auf Sybok. Er drückt jedoch nicht ab, sondern lässt sich von Sybok das Gewehr abnehmen. Sybok und seine Truppen übernehmen nach und nach die Enterprise. Sybok bringt auch Sulu, Chekov und Uhura auf seine Seite, wie er die Bewohner von Nimbus III bekehrt hat. Kirk, Spock und McCoy lässt er in die sicherste Zelle der Enterprise einsperren.

In der Zelle möchte Kirk den Grund erfahren, warum Spock nicht abgedrückt hat. Spock erklärt, dass Sybok sein Halbbruder ist. Syboks Vater ist ebenfalls Sarek, er hat jedoch eine andere Mutter.

Sybok lässt einen neuen Kurs aufnehmen, er fliegt in Richtung des Zentrums der Galaxis und erklärt der Crew, dass er auf der Suche nach dem Planeten Sha-ka-ree ist, wo nach einem Mythos zufolge Gott zu finden ist.

Kirk hat Bedenken was den neuen Kurs angeht. Kein Schiff hat es bisher geschafft, die Barriere am Zentrum der Galaxis zu durchqueren.
Scotty ist Kirk, Spock und McCoy inzwischen beim Ausbruch behilflich. Scotty macht sich daraufhin wieder an die Reparatur des Transporters, während Kirk, Spock und McCoy versuchen einen Notruf an die Sternenflotte abzusetzen. In Wirklichkeit fangen jedoch die Klingonen den Funkspruch ab und kommen so wieder auf die Spur der Enterprise.

Die große Barriere

Sybok hat Kirk, Spock und McCoy inzwischen auf der Enterprise aufgespürt und versucht sie nun auf seine Seite zu ziehen, was jedoch scheitert.

Als die Enterprise die große Barriere erreicht, gelingt es Sybok tatsächlich sie zu durchqueren. Auf der anderen Seite findet er einen einzelnen Planeten vor, den er für Sha-ka-ree hält. Kirk, Spock und McCoy können bis zur Brücke vordringen und einigen sich mit Sybok darauf, den Planeten zu erkunden. Dem Außenteam gehören nur Kirk, Spock, McCoy und Sybok an. Alle anderen bleiben an Bord. Auf der Brücke sind alle so mit Staunen über den Planeten Sha-ka-ree beschäftigt, dass keiner merkt, wie sich das Klingonenschiff wieder nähert.

Auf der Oberfläche von Sha-ka-ree glauben Kirk und sein Team zunächst tatsächlich Gott gefunden zu haben, denn dieser spricht zu ihnen und möchte dass sie mit Hilfe ihres Raumschiffs seine Weisheit in die Galaxie hinaustragen. Als Kirk es wagt, "Gott" zu widersprechen, zeigt sich das wahre Gesicht des Wesens. Es handelt sich nicht um Gott, sondern lediglich um ein Wesen, welches die Gehirne der Betroffenen angezapft hat, um so die Gestalt von Gott annehmen zu können, und sie zu ihren Zwecken zu missbrauchen. Das Wesen greift Kirk, Spock und McCoy an. Sybok erkennt seinen Irrtum und versucht seinen Fehler zu korrigieren, indem er sich mit dem fremden Wesen verschmilzt. Daraufhin beginnt der Planet, um das Wesen herum zu explodieren. Kirk und die anderen machen sich auf den Weg zum Shuttle, doch sie kommen nicht los. Das fremde Wesen hält das Shuttle auf der Oberfläche fest. Scotty hat inzwischen den Transporter repariert, kann aber nur 2 auf einmal hochbeamen. Als er McCoy und Spock gebeamt hat, greifen die Klingonen an und zerstören den Transporter vollends. Kirk kann nicht hochgebeamt werden. Spock erreicht mit Hilfe des klingonischen Vertrers von Nimbus III, General Korrd einen Waffenstillstand mit dem Klingonenschiff.

Kirk befindet sich unterdessen auf der Flucht vor dem Gott-Wesen, welches ihn verfolgt. Plötzlich nähert sich das Klingonenschiff der Oberfläche und zerstört das fremde Wesen. Man beamt Kirk an Bord. Auf der Brücke trifft Kirk Spock, der mit Korrds Hilfe den klingonischen Captain dazu bewegen konnte, ihnen zu helfen. Captain Klaa muss außerdem zugeben, dass er keine Legitimation für seinen Angriff auf die Enterprise hatte.

Kirk und Spock kehren auf die Enterprise zurück und fliegen zurück durch die Barriere. Zurück auf der Erde setzt die Enterprise-Crew ihren Urlaub fort.